Питанню інформаційної безпеки в платіжній системі УкрКарт завжди приділялася підвищена увага. Загальне керування засобами забезпечення безпеки здійснює ГПЦ УкрКарт.
У рамках забезпечення безпеки системи реалізоване наступне:

• Всі операції, що виконуються за допомогою платіжної картки УкрКарт, підлягають on-line авторизації з обов'язковим введенням PIN - коду. Виконання таких умов забезпечує найвищий рівень безпеки.
• Упроваджено технологію захисту інформаційного обміну, що використовує криптографічний алгоритм - 3DES;
• Реалізовано проект VPN-УкрКарт, що забезпечує доставку транзакцій від термінальної мережі до процесингового центру по захищених каналах зв'язку. Технологія розроблена таким чином, що її наявність і експлуатація процесинговим центром УкрКарт інваріантна стосовно провайдеру послуг зв'язку. На сьогодні VPN-УкрКарт підтримують наступні оператори зв'язку: УкрНет, Голден Телеком, Датаком, ФінЗв'язокСервіс.

На стадії впровадження знаходяться технології:

• керування криптографічними ключами в системі (Transaction Security Service), що дозволить реалізувати повну підтримку 3DES між термінальною мережею і процесинговим центром;
• автоматичної генерації та завантаження майстрів-ключів у банкомати.